Η μονή έφτασε σε ακμή τις επόμενες δεκαετίες με τη βοήθεια του Πατριάρχη Νήφωνα, οι αλλεπάλληλες όμως πειρατικές επιδρομές ανάγκασαν τους μοναχούς να εγκαταλείψουν την Πολεμάρχα και να αποσυρθούν στη μονή Καλαμίου, στην ενδοχώρα της Επιδαυρίας. Έκτοτε η μονή δεν ξαναλειτούργησε.
Σήμερα από το συγκρότημα σώζεται το καθολικό, αλλά και αρκετά κελλιά και προσκτίσματα. Το καθολικό είναι χτισμένο στον τύπο της τρίκλιτης, καμαροσκέπαστης βασιλικής με δίρριχτη κεραμοσκεπή στέγη. Τα κλίτη χωρίζονται με χαμηλές τοξοστοιχίες που βαίνουν σε πεσσούς και φέρουν πεταλόσχημες καμάρες που ενισχύονται κατά διαστήματα από σφενδόνια κατασκευασμένα από κομμένους ασβεστόλιθους και πωρόλιθους. Στα ανατολικά φέρει μια ημικυκλική αψίδα, δυσανάλογα μικρή σε σχέση με το μέγεθος του ναού.